En la Gestión de Fondos Paralela, cada organización gestiona sus propios fondos independientemente, ya sea que provengan de Recursos Ordinarios u Otros Recursos. Esta opción puede ser la más efectiva y eficiente cuando las intervenciones por parte de las agencias de la ONU participantes están destinadas a lograr resultados comunes, pero con asociados nacionales, subnacionales y/o internacionales diferentes.