En vertu de la gestion des fonds communs, des organisations participantes des Nations Unies financent en commun une organisation des Nations Unies, appelée l’agent de gestion, choisie conjointement par les organisations participantes des Nations Unies en consultation avec le sous-partenaire national. L’agent de gestion appuiera le sous-partenaire national dans la gestion du programme. Cette option est sans doute l’approche la plus effective et efficace lorsque les organisations participantes des Nations Unies ont pour objectif des résultats communs avec un partenaire national ou sous-national commun (par exemple un département, un bureau de province, une organisation non gouvernementale (ONG)) ou dans une zone géographique commune. En ce qui concerne l’engagement avec les ONG avec des fonds communs par pays pour un appui humanitaire et en matière de développement, se référer aux Lignes directrices du PNUD relatives à l’engagement .
En vertu de la gestion parallèle des fonds, chaque organisation gère ses propres fonds de manière indépendante, qu’ils proviennent des ressources ordinaires ou d’autres ressources. Cette option est sans doute la plus effective et efficace lorsque des interventions dirigées par les organisations des Nations Unies participantes ont pour objectif des résultats communs, mais avec différents partenaires nationaux, sous-nationaux ou internationaux.