Une modalité de financement du PNUD normalement établie pour recevoir les contributions des donateurs à l'appui de grands thèmes - tels que les domaines de pratique du PNUD et les programmes régionaux. Ce fonds fiduciaire financera uniquement les projets et programmes du PNUD. Il s'agit d'une entité comptable distincte, dont la comptabilité et les rapports sont présentés séparément au Conseil d'administration, ce qui nécessite la désignation d'un gestionnaire du fonds d'affectation spéciale.
Le document approuvé par le Conseil d'administration qui décrit le cadre des activités du programme du PNUD et indique les ressources proposées par le PNUD pour obtenir des résultats pendant une période donnée. Les documents de programme sont préparés au niveau du pays en coopération avec le gouvernement de ce pays, ainsi qu'aux niveaux régional et mondial.