Le PNUD sélectionne un partenaire de mise en œuvre pour chaque projet, en consultation avec l’organisme de coordination gouvernemental. C’est également le cas pour les portefeuilles de projets ; un partenaire de mise en œuvre est sélectionné pour chaque projet du portefeuille, tandis que plusieurs partenaires de mise en œuvre peuvent faire partie d’un portefeuille (les projets mis en œuvre directement ou à travers la mise en œuvre au niveau national peuvent faire partie du même portefeuille). Dans les projets multi-pays et les projets Sud-Sud, un partenaire de mise en œuvre peut être choisi par pays.