Le rôle du CCEA en tant qu'organe indépendant est d'aider l'Administrateur à s'acquitter de ses redevabilités en matière de contrôle, de gestion financière et d'établissement de rapports, d'audit interne et d'enquête, d'audit externe, de gestion des risques, de fonctions d'évaluation et de déontologie, ainsi que de systèmes de contrôle interne et de responsabilisation. Le rôle principal du comité est de conseiller l'administrateur, en tenant compte du règlement financier et du règlement du personnel, ainsi que des politiques et procédures applicables au PNUD (y compris le programme VNU) et à son environnement opérationnel, ainsi qu'à l'une de ses filiales, le Fonds d'équipement des Nations unies (FENU). Le CCEA fait des recommandations à l'Administrateur, notamment sur la stratégie et les plans de travail des bureaux indépendants ainsi que sur la nomination, l'évaluation des performances, la prolongation et la révocation des chefs de ces bureaux.